Бухта Бока-Которска состоит из нескольких заливов, соединённых между собой неширокими каналами и формирующих одну из лучших природных гаваней Европы. Долгое время существовало убеждение, что залив представляет собой фьорд, благодаря чему за Бокой закрепилось и до сих пор используется, прежде всего в туристической сфере, именование «самый южный фьорд в Европе». Однако согласно современным научным изысканиям, считается что Бока Которска представляет собой остатки существовавшего здесь некогда речного каньона. Сильные тектонические и карстовые процессы привели к его постепенному разрушению.
Непосредственно в составе Боки принято выделять несколько составляющих её заливов. Все заливы названы по имени крупнейших населённых пунктов, расположенных на их берегах. Так, если двигаться со стороны моря, открывать вход в Боку будет залив Херцег-Нови, далее, после прохождения узкого пролива, справа расположен залив Тивата (отделенный от Адриатического моря полуостровом Луштица). После прохождения последнего, самого узкого, пролива Вериге справа перед взором предстаёт залив Котора (отделенный от залива Тивата полуостровом Врмац), слева — более компактный залив Рисана.
В Которском заливе отсутствуют сформированные течения. Существующие носят непостоянный характер и зависят от времени приливов и отливов. К лету их сила становится немного сильнее. На южной стороне входа в бухту присутствует поток, движущийся на северо-запад со скоростью в 1 км/ч. Сильное течение, способное в проливах достигать скорости 4 км/ч, формируется, прежде всего, после сильных ливней и движется изнутри залива в сторону западного берега входа в залив.